Das Rektorat ist das zentrale Leitungsgremium der Universität. Es besteht aus dem Rektor, dem Kanzler (Leiter der Verwaltung) sowie vier Prorektoren für unterschiedliche Ressorts.

Es wird für fünf Jahre vom Hochschulrat gewählt. Das Rektorat steuert die umfassenden Belange der Universität in enger Verzahnung mit Fakultäten und Einrichtungen. Zur Unterstützung und Beratung und im Sinne der akademischen Selbstverwaltung setzt das Rektorat Kommissionen ein.