Ein weiteres zentrales Organ der Heinrich-Heine-Universität ist der Hochschulrat. Seine Mitglieder werden auf fünf Jahre vom Ministerium bestellt. Ausgewählt werden Personen aus verantwortungsvollen Positionen in der Gesellschaft, insbesondere in Wissenschaft, Wirtschaft oder Kultur.

Der Hochschulrat berät das Rektorat der Universität und übt die Aufsicht über seine Geschäftsführung aus. Dazu kann er alle Unterlagen der Hochschule einsehen und prüfen.

Zu seinen Aufgaben gehören u.a. die Wahl/Abwahl der Mitglieder des Rektorats und die Stellungnahme zum Rechenschaftsbericht. Seiner Zustimmung unterliegen wichtige Aspekte des universitären Lebens, z.B. der Wirtschaftsplan, der Hochschulentwicklungsplan und der Entwurf der Zielvereinbarung.