Beeinflusst der Mensch die Natur nicht, kehren die von der Pflanze aufgenommen Mineralien nach deren Absterben wieder zurück in den Boden. Natürliche Ökosysteme regenerieren sich durch die Zersetzung toter organischer Materie und schließen auf diese Weise den Stoffkreislauf.

Greift der Mensch durch das Ernten der Pflanzen in diesen Kreislauf ein, wird dem Stoffkreislauf eine große Menge an Substanz entzogen. Da in der Landwirtschaft der Boden über viele Jahre intensiv genutzt wird, erschöpft sich sein Mineralgehalt. Um die Erträge stabil zu halten, muss der Landwirt durch entsprechende Düngung dem Boden die entnommenen Nährstoffe wieder zuführen. In der intensiven Landwirtschaft geschieht dies mit Hilfe chemisch hergestellter Dünger, die den Boden wieder mit den notwendigen Nährstoffen anreichern.

Bei einem ökologischem Landbau versucht man dagegen den natürlichen Stoffkreislauf möglichst aufrecht zu erhalten. Kennzeichnend hierfür ist die Pflege der im Boden lebenden Mikroorganismen. Außerdem werden hauptsächlich natürliche Dünger wie Mist und Kompost eingesetzt. Diese organischen Materialien werden dann von den Mikroorganismen zersetzt und so für Pflanzen wieder verfügbar gemacht. Der Vorteil von Kompost gegenüber künstlichen Düngern besteht nun darin, dass er über die gesamte Zeit der Zersetzung, schrittweise seine Nährstoffe freigibt. Bei den chemischen Düngern sind dagegen die Nährstoffe sofort in großen Mengen verfügbar, verbleiben aber nicht lange im Boden. Mit dem nächsten Regenschauer oder einer Bewässerung durch den Landwirt, werden die überschüssigen Mineralien ausgewaschen. Sie gelangen in das Grundwasser und belasten dort Flüsse und Seen bis hin zu den Ozeanen. Die Nitrat- und Phosphatbelastung unserer Gewässer stellt ein großes Problem unserer Zeit dar.